윤호중 행안부 장관은 수사·기소 분리 이후 기존 검경 합동수사본부 대신 '공중경 합수본' 형태의 협력 체계 구축을 제시했습니다. 이 방식에서는 공소청 검사는 직접 수사를 하지 않고 법률 검토, 영장 심사·청구 등을 담당하며, 중대범죄수사청(중수청)이 수사를 주도하게 됩니다. 그러나 법조계에서는 관련법상 공소청 검사와 중수청 수사관의 상호 파견이 금지되어 '합수본'이 불가능하다는 지적을 제기하고 있습니다. 정성호 법무부 장관 역시 합수본 운영 근거가 취약하며, 검사의 수사 참여 배제 시 증거능력 문제가 발생할 수 있다고 우려했습니다. 이재명 대통령은 중수청 준비 과정에서 기존 합수본 운영 방식에 대한 사전 고민이 필요하다고 당부했습니다.